最大支川である只見川は、標高1,655mの高地にある尾瀬沼を水源とする。流域は豪雪地帯として有名で、豊富な雪解け水と落差を利用して、わが国屈指の水力発電地帯を形成しており、数多くのダムが階段状に立地している。
　会津盆地のほぼ中央で合流する日橋川は、猪苗代湖をはじめ、裏磐梯の秋元・小野川・桧原湖などを水源としている。
　早出川は、越後山脈の北端部の1000〜1500m級の山々を源に険しい渓谷を下り、越後平野で阿賀野川に合流する。
　下に示す水系断面図でも、只見川の方がより "本流的" に見える。